Η ιστορία της εταιρείας μας ξεκίνησε με την ίδρυση της εταιρείας "Friedr. Bayer & Co», την 1η Αυγούστου του 1863 στο Barmen, μία μικρή γερμανική πόλη που τώρα αποτελεί μέρος της πόλης του Wuppertal, από τον επιχειρηματία Friedrich Bayer (1825-1880), και τον Johann Friedrich Weskott (1821-1876), ο οποίος ήταν ειδικός στα χρώματα. Ο αρχικός σκοπός της εταιρείας ήταν η κατασκευή και πώληση συνθετικών χρωστικών ουσιών.

Μεταξύ του 1881 και του 1913, η Bayer εξελίχθηκε σε μια εταιρεία χημικών με διεθνείς δραστηριότητες. Αν και το τμήμα των χρωστικών ουσιών παρέμεινε το μεγαλύτερο τμήμα της εταιρείας, αναπτύχθηκαν και νέοι τομείς επιχειρήσεων. Οι ερευνητικές προσπάθειες της Bayer οδήγησαν στην ανακάλυψη νέων προϊόντων, τόσο στον τομέα των χρωστικών ουσιών, όσο και στον τομέα των φαρμακευτικών προϊόντων, συμπεριλαμβανομένου του "φαρμάκου του αιώνα," την Ασπιρίνη, η οποία αναπτύχθηκε από τον Felix Hoffmann και κυκλοφόρησε στην αγορά το 1899.

Η δημιουργία ενός παγκόσμιου οργανισμού πωλήσεων ήταν ένας αποφασιστικός παράγοντας για τη συνέχιση της ανάπτυξης της εταιρείας. Ήδη από τα πρώτα χρόνια η Bayer εξήγαγε τις χρωστικές ουσίες σε πολλές χώρες. Μέχρι το 1913, πάνω από το 80 % των εσόδων της εταιρείας προερχόταν από τις εξαγωγές. Καθώς περνούσε ο καιρός, η περιοχή Elberfeld έδειχνε πολύ μικρή για τη συνεχή ανάπτυξη της εταιρείας. Για το λόγο αυτό, το 1891 η Bayer αγόρασε αρχικά ένα εργοστάσιο βόρεια της Κολωνίας, ενώ στη συνέχεια απέκτησε εκτάσεις κατά μήκος του ποταμού Ρήνου. Ξεκινώντας το 1895, η Bayer αξιοποίησε συστηματικά την περιοχή αυτή και έτσι  το 1912 το Leverkusen έγινε η νέα έδρα της εταιρείας.

Η εκπληκτική ανάπτυξη της Bayer διακόπηκε από τον Πρώτο Παγκόσμιο Πόλεμο. Μόλις η παγκόσμια οικονομία σταθεροποιήθηκε ξανά στα μέσα της δεκαετίας του '20, φάνηκε ότι δεν ήταν πια δυνατό η γερμανική βιομηχανία χρωστικών ουσιών να ανακτήσει την παλιά της θέση στην παγκόσμια αγορά. Για να παραμείνουν ανταγωνιστικές και να αποκτήσουν πρόσβαση σε νέες αγορές, το 1925 οι εταιρείες Bayer, BASF και Agfa αποφάσισαν να συγχωνευθούν και όλα τα περιουσιακά τους στοιχεία μεταβιβάστηκαν στον όμιλο  IG Farbenindustrie AG.

Το 1925 είναι επίσης το πρώτο έτος παρουσίας της Bayer στην Ελλάδα, με πολλά από τα προϊόντα της. Η εταιρεία ΠΑΘΗΝΑ AG εκπροσωπούσε τότε τα χημικά, καθώς και τα φαρμακευτικά προϊόντα της Bayer στην Ελλάδα. Η έδρα της εταιρείας ΠΑΘΗΝΑ AG βρισκόταν στην οδό Σωκράτους, στο κέντρο της Αθήνας, μέχρι τον 2ο Παγκόσμιο Πόλεμο.

Μετά το τέλος του 2ου Παγκοσμίου Πολέμου, οι Συμμαχικές Δυνάμεις κατάσχεσαν τα περιουσιακά στοιχεία του ομίλου IG και έθεσαν όλες τις εγκαταστάσεις στη Γερμανία υπό τον έλεγχο των αξιωματικών των Συμμαχικών Δυνάμεων. Ο αρχικός σχεδιασμός περιλάμβανε τη διάσπαση του ομίλου IG σε όσο το δυνατό περισσότερες μικρές επιχειρήσεις. Έτσι, δημιουργήθηκαν 12 νέες ανταγωνιστικές επιχειρήσεις στην Ομοσπονδιακή Δημοκρατία της Γερμανίας. Μία από αυτές τις εταιρείες ήταν η Farbenfabriken Bayer AG, η οποία ιδρύθηκε στις 19 Δεκεμβρίου 1951.

Στην Αθήνα, αμέσως μετά το τέλος του 2ου Παγκοσμίου Πολέμου, η εταιρεία ΠΑΘΗΝΑ AG σταμάτησε τις δραστηριότητές της και η εταιρεία Dr. Delis AG ανέλαβε τον τομέα των χημικών προϊόντων, ενώ ο κ. Περπινιάς - πρώην υπάλληλος της ΠΑΘΗΝΑ AG - έγινε ο κεντρικός διανομέας των φαρμακευτικών προϊόντων.

Αργότερα στη δεκαετία του 50, η Bayer AG ήταν και πάλι ελεύθερη να αποκτήσει ξένες θυγατρικές. Έτσι, το 1955 η θυγατρική εταιρεία της Bayer με το όνομα «EPIPHA AG» ιδρύθηκε στην Αθήνα για τα φαρμακευτικά προϊόντα. Τα γραφεία βρίσκονταν ακόμη στην οδό Σωκράτους και ο Πρόεδρος ήταν ο κ. Περπινιάς, με τον κ. Otto Betram στη θέση του Γενικού Διευθυντή.

Στις αρχές της δεκαετίας του 60, η Bayer ανέπτυξε περαιτέρω τις δραστηριότητές της στον τομέα των φαρμάκων με νέα προϊόντα, όπως φάρμακα για το καρδιαγγειακό, αλοιφές για δερματικές μυκητιάσεις και αντιβιοτικά ευρέως φάσματος, συμπληρωματικά με τις δραστηριότητές της στα προϊόντα πολυουρεθάνης, τα νέα προϊόντα φυτοπροστασίας, τις ίνες πολυακρυλονιτριλίου όπως το Dralon, το θερμοπλαστικό Makrolon , νέες χρωστικές ουσίες για τις συνθετικές ίνες και πολλά άλλα καινοτόμα προϊόντα που συνέβαλαν στην επέκταση της εταιρείας. Τότε ήρθε η στιγμή για την κυκλοφορία των αγροχημικών προϊόντων και στην ελληνική αγορά. Η εταιρεία EPIPHA AG ανέλαβε επίσης και αυτά τα προϊόντα και το 1967 το όνομα της εταιρείας άλλαξε σε "BAYER EPIPHA AG», ενώ η έδρα της εταιρείας μεταφέρθηκε στην οδό Δεληγιώργη, υπό τη διεύθυνση του κ. Hans-Heinz Jessen.

Σε παγκόσμιο επίπεδο, η ταχεία ανάπτυξη της εταιρείας κατέστησε αναγκαία την αναδιοργάνωση του ομίλου Bayer. Έτσι, η λειτουργική οργάνωση που είχε εφαρμοστεί στις αρχές του 1950, αντικαταστάθηκε από μία νέα  εταιρική δομή διαφορετικών τμημάτων (divisions), η οποία τέθηκε σε ισχύ το 1971.

Στη δεκαετία του 1970 η Bayer επέκτεινε την παραγωγή της στη Γερμανία και στο εξωτερικό. Έτσι, το 1976 ιδρύθηκε στην Ελλάδα η Bayer Agro AG για την παραγωγή των αγροχημικών. Oι πρώτες εγκαταστάσεις βρισκόταν στο Ύπατο, κοντά στη Θήβα. Το 1977, η Bayer AGRO AG μετονομάστηκε σε BAYER HELLAS AG, με τον κο Wolfgang Riesner στη θέση του Γενικού Διευθυντή. Τα φαρμακευτικά προϊόντα συνέχισαν να εκπροσωπούνται από την BAYER EPIPHA AG.

Το 1988 η Bayer γιόρτασε την 125η επέτειο από την ίδρυσή της. Οι πωλήσεις τη χρονιά αυτή ανήλθαν σε περίπου 40 δισεκατομμύρια γερμανικά μάρκα, ενώ η εταιρεία απασχολούσε περισσότερα από 165.000 άτομα σε όλο τον κόσμο. Επιπλέον, η Bayer AG έγινε η πρώτη γερμανική εταιρεία που εισήγαγε τις μετοχές της στο Χρηματιστήριο του Τόκυο. Μερικούς μήνες αργότερα, η Bayer Hellas AG συγχωνεύτηκε με την Bayer EPIPHA AG, προκειμένου να συγκεντρωθούν όλες οι δραστηριότητες του ομίλου στην Ελλάδα σε μια εταιρεία, την BAYER HELLAS AG! Η έδρα της νέας εταιρείας μεταφέρθηκε στο Μαρούσι, στην οδό Ακακιών.

Την 1η Ιανουαρίου 2000, το τμήμα των δραστηριοτήτων της Bayer AG στον κλάδο Χημείας, που αντιπροσωπευόταν από της εταιρεία Δρ Δ. Α. Δελής Α.Ε. ενσωματώθηκε στη θυγατρική εταιρεία Bayer Ελλάς. Έτσι, η αντιπροσώπευση, διακίνηση και τεχνική υποστήριξη των προϊόντων του Τομέα Χημικών και Πολυμερών Πρώτων Υλών της Bayer και άλλων θυγατρικών του ομίλου, βρέθηκαν κάτω από την ίδια στέγη με τους Τομείς Υγείας και Γεωργίας.

Το 2001, η Bayer CropScience εξαγόρασε το αντίστοιχο τμήμα της εταιρείας Aventis, καθιστώντας το τομέα γεωργίας παγκόσμιο ηγέτη στη φυτοπροστασία. Το 2005, η Bayer ολοκληρώνει την εξαγορά των καταναλωτικών προϊόντων της εταιρείας Roche, και συγκαταλέγεται στις τρεις κορυφαίες εταιρείες στον κόσμο στο τομέα των Μη Συνταγογραφούμενων Φαρμάκων. Στην Ελλάδα, στο τέλος του 2004, η έδρα μεταφέρθηκε από την οδό Ακακιών στην οδό Σώρου, αρ. 18-20, στο Μαρούσι.

Τον Μάρτιο του 2006, η Bayer ανακοινώνει δημόσια  την προσφορά για την εξαγορά της Schering AG, με έδρα το Βερολίνο της Γερμανίας. Τον Ιούλιο, η Bayer αποκτά τον έλεγχο του 92,4 % των περίπου 191 εκατ. μετοχών της Schering. Τον Δεκέμβριο της ίδιας χρονιάς, ο τομέας φαρμάκων με τα προϊόντα των δύο εταιρειών μετονομάζεται επίσημα σε Bayer Schering Pharma AG.

Στις 6 Μαΐου του 2014 η Bayer AG ανακοίνωσε την εξαγορά του Τμήματος Καταναλωτικών Προϊόντων της αμερικανικής φαρμακευτικής εταιρείας Merck & Co, Inc, ύψους 14,2 δισεκατομμυρίων δολαρίων (10,4 δισεκατομμύρια ευρώ). "Η εξαγορά αυτή σηματοδοτεί ένα σημαντικό ορόσημο στην πορεία μας προς την παγκόσμια ηγετική θέση στον τομέα των μη συνταγογραφούμενων φαρμάκων», εξήγησε ο Διευθύνων Σύμβουλος της Bayer, Δρ Marijn Dekkers.

Για περισσότερο από 150 χρόνια η Bayer παρέχει καινοτόμες λύσεις στον τομέα της υγείας, της φυτοπροστασίας και των υλικών υψηλής τεχνολογίας. Για σχεδόν 100 χρόνια τα προϊόντα της Bayer είναι διαθέσιμα στην ελληνική αγορά και η Εταιρεία λειτουργεί ως ένας κοινωνικά και ηθικά υπεύθυνος εταιρικός πολίτης, για περισσότερα από 50 χρόνια στην Ελλάδα.